Le origini di questa chiesa sono legate all'ordine dei cappuccini, in particolare ai rosari pubblici, promossi da Fray Pablo di Cadice alla fine del XVII secolo, dai quali nacquero diverse compagnie, fra le quali quella della Virgen de la Palma, considerata la più antica.
A quest'immagine, è tradizionalmente attribuito il miracolo di fermare le acque mentre avanzavano verso la chiesa, durante il tragico maremoto del 1º novembre 1755, un evento che viene commemorato nel retablo pubblico.