Los orígenes de esta iglesia están vinculados a la orden de los capuchinos, en particular a los rosarios públicos, promovidos por Fray Pablo de Cádiz a finales del siglo XVII, de los que nacieron diversas compañías, entre ellas la de la Virgen de la Palma. , considerado el más antiguo.
El milagro de detener las aguas mientras avanzaban hacia la iglesia, durante el trágico tsunami del 1 de noviembre de 1755, se atribuye tradicionalmente a esta imagen, hecho que se conmemora en el retablo público.
