El Museo Catedralicio está ubicado en la antigua Casa de la Contaduría (Patio de los Condes). Se encuentra sobre la cavea del antiguo Anfiteatro Romano de Cádiz. En realidad se trata de un conjunto de edificios, agrupados alrededor de la torre de la Catedral Vieja de Santa Cruz que además de la Casa de la Contaduría también incluye la Casa del Canónico Termineli y el Patio Mudéjar o Casa del Deán.