Desde principios del siglo XVII existen vestigios de locales permanentes, destinados a la actividad teatral de la ciudad. Durante el siglo siguiente, al menos tres edificios se utilizaron para representar el arte dramático, la comedia y las óperas españolas en francés e italiano. A principios del siglo XIX, en el terreno donde se ubica el Gran Teatro Falla, mientras la ciudad estaba ocupada por los franceses, se construyó el Teatro San Fernando, posteriormente destruido por un incendio.

La iglesia actual tiene su origen en la capilla original, fue construida en 1653 por la Cofradía del Santo Ángel de la Guarda, cerca del cementerio donde fueron enterradas las víctimas de una gran epidemia que azotó la ciudad en 1648.

La capilla rectangular original tenía una sola nave cubierta por bóveda de cañón con lunetas. Las posteriores ampliaciones dieron lugar a la capilla y las naves laterales de planta latina.